2001年石河子大学药学院成立。按照大学要求，本着“优化资源，调整结构，完善功能，提高水平”的改革目的，学院对原实验室专属各教研室模式调整为现今院级人、财、物统筹管理的“药学实验中心”。历经十几年的建设，药学实验中心取得了长足的发展。
2004年教育部本科教学评估带动了整个“中心”的建设，其环境及硬件设施均得到了极大的改善；2011建设的“中央与地方共建特色优势学科实验室—制药工艺实验室”项目，完成250余平方米的5间实验室改建，及350万元仪器设备的购置、安装、调试、验收工作；对教师和学生进行了多次使用操作培训；结合新进设备、仪器增加新的实验内容，常年开放，运行良好；2014年投入100万新建研究室4间（板房），新增“网络药理学”、“提取中试室”等研究平台，购置了药物制剂gmp实训教学仿真系统，建立药品生产与质量管理的仿真模拟实践训练模式；2015年教育部“中西部高校提升工程项目“又投资4百多万元，新增教学仪器设备350台件，对16件实验室，7件准备室进行全面改造，进一步提高我校培养“应用型、综合型、创新型”药学科技人才发挥重要作用。
药学院“药学实验中心”现拥于本科教学的标准化实验室18间，实验用房面积约1240m2，另设有药用植物园和中药标本室各一个。拥有高效制备液相色谱仪、气相色谱仪、逆流色谱仪、凯氏定氮仪、傅立叶变换红外光谱仪、紫外光谱仪、超速冷冻离心机、细胞破碎仪、冷冻干燥机等先进的仪器设备。教学仪器设备1千多台（件），设备总价值约650万元。实验中心每年承担着药学院、高职继续教育学院2个学院、5个专业、17门实验课程，1000多名本、专科生、研究生的实验教学及准备任务，约10400标准学时/学年，目前本科实验项目总数为221项，综合性实验项目数为26个，设计性实验30个。同时还承担着校内药学、中药学等专业本科毕业实习及大学srp及国家大学生创新计划、集中式实践教学专业技能培训等多类型实验教学任务，为大学生创新性，设计性实验，毕业论文(设计)以及各类竞赛活动提供实验场所。每年有150余名学生留在校内毕业实习。
人才结构
药学实验中心现有专职教师31人，教授4人，副教授12人，中级17人，博士10人，硕士13人，专职实验师4人。中心人员爱岗敬业，团结互助，责任心强，专业技术过硬，能保证实验教学的质量。中心对教师有明确的考核办法，在中心内部每年进行实验技能的培训，这些措施保证了实验教师能及时掌握最新的实验技术和成果，跟踪时代的发展潮流。
2012年我院“药学实验中心”被评为校级实验教学示范中心，在学校对示范中心进一步加强建设，加大经费投入的基础上。药学中心进一步完善了运行管理机制，加快实验教学改革，探索创新性实验教学模式，凝练优质实验教学资源，开展培训、交流和合作，增强示范辐射能力，积极努力为我校实验教学提供示范作用。
